Byly objeveny náhodou v roce 1950 při odstřelu v přilehlém vápencovém dolu.  Od roku 1959 jsou přístupné veřejnosti. V současné době si můžete prohlédnout rozlohou nejmenší horní patro a nejrozsáhlejší střední patro. Nepřístupné spodní patro leží asi 70 metrů pod povrchem.

Koněpruské jeskyně vznikly krasovou činností vody ve vápencích starých 400 milionů let. Hlavní modelace jeskynních prostor proběhla před 25 - 30 miliony lety a nejstarší dochovaná výzdoba je starší více než 1 milion let, což jsou tzv. Koněpruské růžice obsahující opál.

Jeskyně jsou také významným paleontologickým nalezištěm kosterních pozůstatků obratlovců a dalších živočichů, obývajících území středních Čech od třetihor po současnost. Bylo tu nalezeno velké množství zvířecích kostí z doby před 600 000 – 13 000 lety a také lidské kosti patřící druhu Homo sapiens sapiens staré asi 13 000 let.

Koněpruské jeskyně zasáhly do středověkých dějin. Koncem patnáctého století byla v jedné z jeskyní provozovaná penězokazecká dílna, kde mohlo být vyrobeno 5 000 až 10 000 falešných mincí. Koněpruské jeskyně jsou přístupné od 1. dubna do 31. října. Délka prohlídkové trasy je 620 metrů.